寄生虫分类的目的是认识虫种并反映各种寄生虫之间的亲缘关系，追溯各种寄生虫演化的线索，比较全面而准确地认识各个虫群和虫种，并了解寄生虫和人类之间的相互关系。
根据动物分类系统，人体寄生虫分隶于动物界(Kingdom Animalia)的无脊椎动物中的扁形动物门(Phylum platyhelminthes)、线形动物门(phylum Nemathelminthes)、棘头动物门(Phylum Acanthoce-phala)与节肢动物门(Phylum Arthropoda)，及单细胞的原生动物亚界(Subkingdom Protozoa)中的肉足鞭毛门(Sarcomastigophora)、顶复门(Api-complexa)和纤毛门(Ciliophora)。
寄生虫的学名按动物的命名，系用二名制名或亚种名之后者的姓与命名年份(论文正式发表的年份)。学名用拉丁文或拉丁文化的文字。例如，溶组织阿米巴(Entamoeba histolytica Schaudinn，1903);恶性疟原虫[Plasmodiumfalciparum(welch，1987)Schaudinn，1902]，表示 Schaudinn(1902)又确定此学名。
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