尿石形成的机理比较复杂，至今尚未完全明了，目前认为尿石形成有二项基本要素：
1.尿内晶体饱和度：尿内含有形成结石的晶体，主要成分有磷酸盐、草酸盐、尿酸盐等，如这些晶体在尿液中饱和度过高，则易引起析出、沉淀、结聚，以致尿石形成。
2.晶体聚合抑制因子：尿内存在有晶体聚合抑制物质，如焦磷酸盐，枸橡酸、镁、多肽、尿素、粘多糖、透明质酸，甘氨聚糖等，这些抑制因子和晶体表面的某些特殊部位结合即可抑制晶体的再形成和聚合。
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