玉溪农业职业技术学院的前身是国家级重点中专玉溪农业学校，学校成立于1956年，1991年经省教委评估认定为“合格中专学校”;1993年被省政府认定为“省部级重点中专学校”，同年省政府批准建立“云南省玉溪烟草栽培学校”;1996年被省科委、团省委定为“云南省青年星火技术培训示范基地”，并获云南省农业中专教学规范化管理一等奖;1997年省教委命名为“省级文明学校”;1998年被省委、省政府命名为“省级文明单位”;1999年被省委、省政府命名为“文明单位工作先进单位”;2000年首批步入国家级重点中专行列。于2002年3月22日经省政府批准，国家教育部备案，成立以举办高等职业技术教育为主、面向全国招生的普通全日制公办高等职业学校（即玉溪农业职业技术学院）。

学院已基本形成了以专科为主体、中专、本科多层次学历教育和各类短期培训并存的办学格局，现有全日制在校生3000多人。学院设有烟草栽培技术、现代农业技术、生物资源开发与利用、观赏园艺、园林设计、计算机应用技术、计算机网络技术、广告艺术设计、计算机多媒体技术、室内设计、财会会计、金融保险、社区管理与服务、农业经济管理、市场营销、电子商务、畜牧兽医、动物医学等18个专业。学院是第110个国家职业技能鉴定所，面向学生和社会开展农林牧、园艺、会计、计算机等行业的相关等级培训和鉴定，颁发全国统一的职业资格证书。