由于边境牧羊犬的耳朵相当容易藏污纳垢，需要定期清洁，尤其像是边境牧羊犬这种垂耳狗狗的耳道通风性较差，湿闷容易助长耳内细菌繁殖，主人更要特别留意。
必备清洁工具
1. 宠物专用洁耳液、耳粉
2. 止血钳、棉花
简单三步骤
Step1 拔除耳毛
边境牧羊犬的耳毛生长速度快，清洁前请先将他的耳朵外翻，在耳毛处撒入适量耳粉，有助于止滑、消肿。
锁定耳毛根处后，利用手或止血钳快速拔除，降低边境牧羊犬的疼痛感。
Step2 准备工具
利用止血钳夹住棉花并卷在前端处，再将棉花沾满清耳液即完成准备。不少主人爱用棉花棒，看似相当方便，但若使用不慎，将会损伤耳道。
万一棉花头松脱掉进耳道，那就更麻烦了，建议尽量避免使用喔!
Step3 清洁耳道
边境牧羊犬的耳朵构造是L型，仅需缓慢轻柔地清洁肉眼看得见的部分，不须过于深入喔!
若在清洁过程中，发现耳道内红肿、散发异味，甚至有大量呈黑色、深咖啡色或黄绿色分泌物时，代表耳朵已受细菌或霉菌感染，必须尽快带边境牧羊犬到宠物医院检查。