圣伯纳犬因阿尔卑斯山之圣伯纳修道院而得名。公元980年，圣伯纳犬因为守护那些穿越危险的阿尔卑斯山山道之旅客而闻名。可惜初期的纪事也无法考证。18世纪，修道院的教士们饲养此犬作危险山中的向导，寻找迷路失踪的人并使之苏醒。圣伯纳犬为短毛品种，为防止近亲繁殖，加入了苏格兰犬的品种，产生了毛茸茸的犬种。一只叫作“黑蒙”的圣伯纳犬，曾经救援了40个人的生命，立下了最伟大的功绩，于1814年去世。
在1830年以前，所有的圣伯纳犬都是短毛的。最初人们认为长毛的圣伯纳犬更能抵御救济院的严寒，但不幸的是，冰可以冻在长毛上，这种犬并不适宜作救护用。发现了这个事实后，僧侣们将长毛的圣伯纳犬作为礼物送给了朋友们，只留下了短毛的圣伯纳犬。
英国早在1810年就进口了一些救济院的犬来与他们的马士提夫獒犬杂交，那时英国人叫这种犬做“secred dogs”，约在1828年，这种犬在德国的名字叫“alpen dog”。1833年，作家丹尼尔·威尔逊第一次将这种犬命名为圣伯纳犬，但直到1965年，这个名字才明确出现，1980年这个名字才被正式确定为这种犬的名称。