动物科学系一直是上海农学院和上海交通大学农业与生物学院主要系部之一。上海农学院创办于1959年, 1999年9月上海农学院并入上海交通大学，成立了上海交通大学农学院，2003年3月农学院更名为农业与生物学院。
师资队伍
学科现有教师20人，其中教授7人，研究员3人,副教授3人，副研究员4人，高级实验师1人，讲师2人。所有教师全部具有博士学位，大部分都在国外进修和学习过。
人才培养
学士点：动物科学专业(农学学士,4年)
硕士点：畜牧学(一级学科，学术硕士，2.5年)、预防兽医学(二级学科，专业硕士，2.5年)
博士点：生物医学工程(生物技术、预防兽医学，4-5年)、动物科学与工程(交叉学科博士点，4-5年，2017年招生)
科学研究
动物科学系主要研究方向：动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料、动物卫生与防疫。
近5年来，动物科学系先后承担了国家与省部级重点科研课题52项，开展了动物基因组学与分子育种、统计基因组学与生物信息学、繁殖生物技术、营养与免疫、营养与自由基生物学、抗体工程、病原检测技术、传染病防治等领域的研究工作，并在统计基因组学、实验小型猪模型、人兽共患病防治等方面形成了特色。
成果和奖励
近5年来，主持/参加国家和上海市科研项目多项，其中：2011-2015主持国家“863”项目1项;2011-2015参与国家科技支撑项目1项;2011-2015主持/参与国家重大科技专项4项;2011-2015主持国家自然科学基金项目22项;主持上海市科技兴农重点攻关项目24项。取得多项科研成果，其中：国际学术期刊发表SCI/EI论文162篇;授权发明专利45项;申请发明专利77项;授权软件著作权5项;开放2个基础数据库。
国际合作交流
动物科学系先后与康奈尔大学、加利福尼亚大学河滨分校、弗吉尼亚理工大学、希伯来大学、墨尔本大学等国际知名大学开展了合作办学和学术交流。