生物科学与技术菁英班:“生物科学与技术菁英班”是南京农业大学与中国科学院上海生命科学研究院联合培养创新人才的新模式。“生物科学与技术菁英班”学生的招生、本科阶段的培养由南京农业大学负责，按照南京农业大学管理制度进行管理，并在南京农业大学完成课程学习。
在本科阶段培养期间，中国科学院上海生命科学研究院根据南京农业大学教学安排，选派优秀科研人员开设学术前沿讲座和暑期短期讲座。选派优秀研究生代表与本科生定期开展学术交流讨论，培养本科生的学习兴趣和科研志向。“生物科学与技术菁英班”学生的本科毕业条件及学士学位授予资格按南京农业大学的相应规定进行审核，同时可获得由南京农业大学和中国科学院上海生命科学研究院联合颁发的学习证明。