教育部下达我校2017年硕士研究生招生计划为1065名，其中七年制转段286名，“大学生士兵”专项计划10名，与莆田学院联合培养专项计划10名。各学院招生计划见下表。学校保留复试录取过程中根据各学院合格生源数对招生计划进行调整的权利。
| 学院代码 | 学院名称 | 2017年硕士招生计划分配 | ||||
| 总数 | 学术型 | 专业学位 | 联合培养专业学位 | 已接收推免生 | ||
| 001 | 基础医学院 | 76 | 72 | 4 | 3 | |
| 002 | 公共卫生学院 | 38 | 30 | 8 | 8 | |
| 003 | 药学院 | 60 | 48 | 12 | 14 | |
| 004 | 护理学院 | 18 | 10 | 6 | 2 | 9 |
| 005 | 口腔医学院 | 47 | 24 | 23 | 1 | |
| 006 | 医学技术与工程学院 | 5 | 5 | 0 | ||
| 007 | 人文学院 | 3 | 0 | 3 | ||
| 008 | 第一临床医学院 | 185 | 58 | 119 | 8 | 12 |
| 009 | 第二临床医学院 | 45 | 14 | 31 | 2 | |
| 010 | 协和临床医学院 | 195 | 71 | 124 | 8 | |
| 011 | 省立临床医学院 | 67 | 20 | 47 | 5 | |
| 012 | 福总临床医学院 | 30 | 8 | 22 | 5 | |
| 合计 | 769 | 360 | 399 | 10 | 67 | |
备注：上述各学院计划总数包含已接收的推免生;
联合培养专项计划不得挪用;
大学生士兵专项计划10个，不得挪用，视考生报考调剂情况另行分配。
福建医科大学研究生招生办公室
2017年3月21日