腺瘤手术切除后，一般预后良好，但少数报道有腺瘤恶性变和术后复发者。Henson等报道5例肝腺瘤中有2例术后复发，其中1例17年内作了3次肝切除术。Glemon等报道1例腺瘤囊内剜除5年后复发，第2次手术切除标本的病理报告为肝腺瘤恶性变肝腺癌。故为预防术后复发，应争取彻底切除，包括切除部分正常的肝组织。有服避孕药史者，应立即停药。有报道停服避孕药后肿瘤明显缩小。Anderson报道1例停药18个月后，复查肝腺瘤缩小50%.有报道肝腺瘤行右肝切除术后怀孕，致腺瘤复发且发生腺瘤出血者。
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