随着省政府支持菏泽发展力度加大和我校办学实力提升， 2016年我校普通本专科招生计划比去年增加了771人，总数达到了5611人。其中本科计划3111人，在山东省投放2819人，在外省投放292人；专科计划2500人，在山东投放2450人，在河南省投放50人。
今年招生的专业（方向）达到97个，其中，本科涵盖夏季高考的理工、文史、艺术文、艺术理和体育等全部科类及春季高考的机械、机电一体化、信息技术、医药、财经、商贸、学前教育等7个类别，共64个专业（方向），金融工程、园艺、生物制药3个专业为首次招生。专科涵盖夏季高考的理工、文史、艺术文、艺术理4个科类，共33个专业。
加上专升本计划450人，单县分校、郓城分校招收的初中后五年制高等师范教育计划1200人、“3+4”高等师范教育计划200人，今年我校的招生规模达到了空前的7461人，在本科计划增加、“3+4”高等师范教育贯通培养试点招生和专科专业校企合作三个方面实现了新突破。
菏泽学院2016年分省分专业招生计划见附表。