肇庆市环境保护局端州分局为肇庆市环境保护局派出机构。主要职能如下：
1、贯彻执行国家和省、市有关环境保护的方针政策和法律法规、规章;编制和实施辖区内环境功能区划。
2、负责辖区内主要污染物排放总量控制、污染源的监督管理工作，以及城市环境综合整治定量考核、环境保护目标责任制、党政领导环保实绩考核、环境统计、环保科技工作。
3、按照县级权限审批辖区内建设项目的环境影响报告书(表)，监督建设项目"三同时"制度的落实，依法对辖区内环境保护实施统一监督管理。
4、负责辖区内环境污染事故、污染纠纷、群众信访的调查、处理，以及突发环境事件的应急、预警工作。
5、负责辖区范围内企业的环保监督管理和排污费的征收工作。
6、承办市环境保护局和端州区政府交办的其他事项。